绍熙二年（1175年），皇帝下诏书要朝臣评论政事的得失，提出治国策略。孙逢吉当时任司农寺丞兼实录院检讨官。他应诏上书皇上要重视和施行“去蔽谀，亲讲读，伸论驳，崇气节，省用度，惜名器，拨才武，饬戎备”八件大事。并事事切中时弊，提出了许多建设性的好意见，皇上很信任和器重他，被升为右正言。
当时，各地皇亲国戚大肆建造府地，占地规模宏大。每建一第，就要拆毁民房成十上百间，迫使无数百姓流离失所，怨声载道。孙逢吉对此上书皇上，进行严厉批评。孙逢吉的上书得到了皇上的重视，朝廷采取各种措施，皇室宗戚大兴土木的风气得到有效的遏制。

　　孙逢吉官居秘书监兼吏部侍郎时，与大学士朱熹同为朝中大臣，都要轮流在“经筵”上为皇上讲解经传史鉴。朱熹在讲经时，对专横跋扈的韩侂胄进行评论指谪，韩侂胄时以枢密都承旨加开封府仪同三司，权位在左右丞相之上。一些对朱熹平时积有宿怨的人便向皇上大进谗言，挑拨离间。皇帝恼怒，罢逐了朱熹。孙逢吉对皇上是非不分，远君子，近小人的做法十分不满，总想找机会规劝皇上。一次，孙逢吉给皇上讲经，就借《诗经·权舆》篇中秦康王听信小人，忘了先王的旧属和不重用贤者，而听信于小人结果无好下场的事例，婉言规劝皇上改变对朱熹的看法。由于皇上过于相信韩侂胄，听了很不高兴。孙逢吉不管皇上高兴不高兴，还是一味规劝。皇上放下脸说：“朱熹的话多不可用。”孙逢吉却说：“朱熹所说的都有道理，都是正确的，没有看见有什么不可用的。”孙逢吉与皇上越争越烈，最后皇上没等孙逢吉的经讲完，便拂手而去了。

　　孙逢吉仍痴心不改，又给皇上上书。说：“陛下您所提倡崇敬的是懂得礼义的人，陛下您所信任的是志节端亮的臣子。然而，现在像朱熹这样事事讲礼节，处处讲廉正的人却因评论了韩侂胄而遭罢逐，像彭龟年这样的忠耿之士也因为评论了韩侂胄而被贬谪。照这样下去，卑臣真担心您身边的忠正之士都会一个个地离您而去，而能在您身边的却只能是一些喜好阿谀奉承，溜须拍马、阳奉阴违的小人。这样怎能治理好国家呢？”皇上看了孙逢吉语气这样激烈的批评奏书，又很不高兴。孙逢吉上书的事马上就被韩侂胄知道了，韩侂胄怀恨在心。

　　有一次皇上到“重华宫”，群臣礼毕后都已往出了宫门，上了轿准备离去。忽然有人报韩侂胄来了，大家迭忙不及地下轿返回恭迎。孙逢吉却说道：“既然出来了，又何必再回去打拱作揖迎接，只有臣子拜君事父的礼节才是如此。”一个人头也不回离去。

　　孙逢吉的不畏权贵，直言敢谏，得到了朝中许多正直同僚的敬佩。但由于得罪了权臣韩侂胄，又不合皇上的心意，为自己种下了祸根。韩侂胄处心积虑找机会要置孙逢吉于死地而后快。一天，吏部的同僚们聚在一起闲聊。有人密报说：“‘优人’王喜将担任阁职。”一些人听后很是高兴。孙逢吉听后却说：“不能让戏子沾污阁职的名声。”并上书皇上不能让王喜入阁，同僚中立即有人将这事密报韩侂胄。而当时王喜的任命还没有下达。韩侂胄便找了个理，说通了皇上，便以“诬诋”罪将孙逢吉贬出了朝廷，先是外放太平州知州，后转任赣州知州。孙逢吉不久便告病辞官，回到了遂川。