日媒称，“森友学园”售地审批文件被改写问题已开始动摇日本国民对安倍政权的信赖。日本在野党要求副首相兼财务相麻生太郎辞职，还开始强化对首相安倍晋三的追责。首相官邸希望尽快平息事态，但是如果政权凝聚力出现下降，9月的自民党总裁选举将充满不确定性。另一方面，执政党自民党的各派系也在密切关注事态造成的影响。

据日本经济新闻网3月13日报道，“这不是改写，而是篡改”，“安倍内阁必须全体辞职”，日本立宪民主党、希望之党和民进党等6大在野党3月12日在国会内召开的会议上当着解释情况的财务省官员的面，对安倍政权进行了猛烈抨击。关于改写文件，财务省官员解释称“是为了避免国会答辩引起误解”。

报道称，日本在野党方面已开始展开攻势。民进党干事长增子辉彦在记者会上表示“准备根据事态发展追究安倍内阁的责任，或要求安倍内阁全体辞职”。据日本共同社报道，立宪民主党代表枝野幸男表示“不能不追究。报告给日本国内的资料被持续篡改了1年时间，这已经超越了安倍政权问题的范畴，日本的议会制民主主义也受到拷问”。

日本六大在野党的国会对策委员长3月12日一致要求传讯安倍夫人安倍昭惠和9日辞职的前国税厅长官佐川宣寿到国会作证。此外，六大在野党还同时决定不出席参议院预算委员会13日召开的中央听证会。

另据日本经济新闻网3月13日报道，安倍政府连二接三地发生行政文件丑闻。3月12日，日本财务省报告称向学校法人“森友学园”出售国有土地的审批文件被修改。在2017年的通常国会上，围绕南苏丹联合国维和行动（PKO）的日报问题和学校法人“加计学园”问题就已经受到了猛烈批判。究竟是谁、出于何种目的采取的动作，仍有尚未查明的部分，但共同之处就是省厅采取了隐瞒对政府不利信息的动作。

“作为行政的存在方式，修改审批文件是极为严重的问题。我们将采取措施杜绝再次发生”，日本副首相兼财务相麻生太郎3月12日在记者会上对森友文件修改问题进行道歉并誓言要防止再次发生。

报道称，“森友问题”是指在野党在2017年的通常国会上追究国有土地的出售手续问题。财务省为配合时任理财局长佐川宣寿（前国税厅长官）在国会答辩，在2017年2月下旬至4月修改了审批文件。

日本会计检查院在3月12日的在野党会议上披露，在2017年11月发表森友问题调查报告之前的阶段就已经注意到了修改问题。尽管会计检查院已经向其指出问题，但财务省在约1年的时间里一直隐瞒。

报道称，省厅对信息公开采取消极态度并不是仅仅这一次。“我们去年由于日报问题而受到严厉了批评。文件管理一定要确保严格执行”，防卫相小野寺五典3月12日在防卫省的干部会上指示要严格管理文件。

报道称，外界要求防卫省公开PKO日报问题的相关信息，防卫省一度决定不公开，但受到在野党的追究，经过重新调查发现了文件。时任防卫相稻田朋美被迫引咎辞职。

在加计学园新设兽医学部的问题上，对于有人指出存在写着“总理意向”等文字的文件，官房长官菅义伟说“是不明文件”。文部科学省经过重新调查，找到了有同一内容的文件。内阁府公开的国家战略特区工作小组的议事纪要又揭开了未记录学园干部出席并发言的问题。

为什么明知道一旦被发觉就是大问题，省厅还是对信息公开犹豫不决呢？民进党干事长增子辉彦在3月12日的记者会上指出：“在日本现在的政治体制下，行政官员需要观察首相的脸色来确保自己的位置，因此必须揣度首相及其周围人员的想法”。